所得税基本通達190-5
190－5（年末調整後に所得控除に異動があった場合の再調整）
法第190条第2号の規定により同号に規定する税額を計算する場合には、所得控除はその年最後に給与等の支払をする時の現況により行うのであるが、その年最後に給与等を支払った時後その年12月31日までの間にその控除に異動があった場合において、その年分の給与所得の源泉徴収票が作成される時までにその異動に関する申告があったときは、給与等の支払者はその異動後の状況により同号に規定する税額を再計算し、その差額は法第191条《過納額の還付》の規定に準じ還付（先に年末調整を行った際に生じた不足額でまだ徴収していないものがあるときは、当該不足額のうちまだ徴収していない部分の金額に充当）して差し支えない。
（注） 年末調整後に異動した所得控除については、上記によらないで、確定申告により精算することができることに留意する（法第120条《確定所得申告》、第122条《還付等を受けるための申告》及び第123条《確定損失申告》参照）。
※内容については正確を期するようにしておりますが、最新の情報等については国税庁ホームページ等での確認をお願いいたします。
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